Auch sozial war Werner Otto sehr engagiert. 1969 gründete er die medizinische Werner-Otto-Stiftung, die etwa ein Behandlungszentrum für Krebskrankheiten bei Kindern geschaffen hat. Das Werner-Otto-Institut, das 1974 folgte, widmet sich der Früherkennung und Behandlung behinderter Kinder und Jugendlicher. Otto erhielt für seinen Einsatz zahlreiche Orden und Auszeichnungen.